指定配列の切り出し

※samtools（https://www.htslib.org/）がインストールされていることが前提です。
※samtools faidx のManualはこちらhttp://www.htslib.org/doc/samtools-faidx.html

>１．切り取り元となるファイルのインデックスを付与する
samtools faidx ref.fasta

>２．FASTAと切り出し位置を指定して、指定配列を切り出す
samtools faidx ref.fasta chr1:1111-1234

　補足　
・-o 出力ファイル名
　付け足しておくことで出力fileが作成されます。
　
・Cucam_0.32.assembly.dna.fastaからCcam0.32_scaffold1の1111から1234を切り出したいときは次のようにかきます。
samtools faidx Cucam_0.32.assembly.dna.fasta Ccam0.32_scaffold1:1111-1234


参考）samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列, バイオインフォ道場
https://bioinfo-dojo.net/2016/04/14/samtools_fasta_subsequence/（アクセス日:2022/10/21)